东南大学仪器科学与工程学院所属学科专业创建于1960年，为响应国家战略需求，研发面向海洋导航技术与装备，“陀螺仪及自动驾驶仪”专业于机械工程系创建，列为校重点建设专业。同年，查礼冠教授领衔研制的我国第一台人形机器人诞生，技术达到了当时世界一流水平，奠定了学院机器人科研事业的基础。1961年，机械工程系“精密机械仪器”专业并入“陀螺仪及自动驾驶仪”专业。1962年，学校新成立自动控制系，“陀螺仪及自动驾驶仪”专业并入自动控制系，更名为“陀螺仪及导航仪器”。1979年，专业名称调整为“陀螺仪及精密仪器”。1982年，为进一步拓宽专业口径，专业名称修改为“精密仪器”。1985年，根据国家教委通用专业目录，专业拆分为“精密仪器”和“检测技术及仪器”两个专业。1996年，根据国家教委修订后的通用专业目录，两个专业统一更名为“测控技术与仪器”。2020年，学院新增“智能感知工程”本科新专业，为全国首批4所高校之一。

早在1961年，查礼冠教授即招收了第1个研究生。1981年和1984年，国务院学位委员会先后批准设立“精密仪器及机械”和“测试计量技术及仪器”两个硕士学位授予点。1990年，批准设立“精密仪器及机械”博士学位授权点。1992年5月，为了适应学科发展需要，“精密仪器”专业和“检测技术及仪器”专业从自动控制系分出，组建成立了仪器科学与工程系，开启了学院独立办学之路。2006年9月，仪器科学与工程系更名为仪器科学与工程学院。

• 1960年，学院所属学科专业于机械工程系创建，原名“陀螺仪及自动驾驶仪”专业（代号28）；同年，“精密机械仪器”专业并入该专业。

• 1961年，开始招收研究生。

• 1962年，“陀螺仪及自动驾驶仪”专业并入自动控制系，更名“陀螺仪及导航仪器”专业（代号83）。

• 1979年，专业名称调整为“陀螺仪及精密仪器”（代号83）。

• 1981年，设立“精密仪器及机械”硕士学位授权点。

• 1982年，专业名称调整为“精密仪器”（代号84）。

• 1984年，设立“测试计量技术及仪器”硕士学位授权点。

• 1985年，专业拆分为“精密仪器”（代号84）和“检测技术及仪器”（代号85）。

• 1990年，设立“精密仪器及机械”博士学位授权点。

• 1992年，学科专业从自动控制系分出，组建成立了仪器科学与工程系。

• 1996年，专业统一更名为“测控技术与仪器”。

• 1998年，设立全国首批“仪器科学与技术”一级学科博士、硕士学位授予点。

• 2006年，仪器科学与工程系更名为仪器科学与工程学院。

• 2020年，新增“智能感知工程”专业。