1998年,学院建成全国首批仪器科学与技术一级学科博士、硕士学位授予点,学院建有“精密仪器及机械”、“测试计量技术及仪器”、“导航、制导与控制”3个二级学科博士点,并设有仪器科学与技术一级学科博士后科研流动站

学院“仪器科学与技术”一级学科先后入选江苏省一级重点学科、江苏省优势学科,是东南大学传统优势学科之一,目前也是东南大学双一流建设重点建设学科。

2015年,江苏省十二五级重点学科验收评估,我院仪器科学与技术学科在全省153个参评学科中被评为“优秀”(全省共9个)。

此外,学院“精密仪器及机械”二级学科1994年入选江苏省首批重点学科、2005年入选江苏省国家重点培育学科。

学院信息传感及系统技术导航、制导与控制 2017年入选国防特色学科。