1998年，学院建成全国首批“仪器科学与技术”一级学科博士、硕士学位授予点，学院建有“精密仪器及机械”、“测试计量技术及仪器”、“导航、制导与控制”3个二级学科博士点，并设有“仪器科学与技术”一级学科博士后科研流动站。

学院“仪器科学与技术”一级学科先后入选江苏省一级重点学科、江苏省优势学科，是东南大学传统优势学科之一，目前也是东南大学“双一流”建设重点建设学科。

2015年，江苏省“十二五”一级重点学科验收评估，我院“仪器科学与技术”学科在全省153个参评学科中被评为“优秀”（全省共9个）。

此外，学院“精密仪器及机械”二级学科1994年入选江苏省首批重点学科、2005年入选江苏省国家重点培育学科。

学院“信息传感及系统技术”、“导航、制导与控制” 2017年入选国防特色学科。